Meestal zijn de verschillende bakken van een treinstel met een soort van trekstang met elkaar verbonden (zie bijv hier voor ICM). DDAR-kopbakken hebben klassieke buffers en trekwerk*. Je zal hiervoor op de een of andere manier een koppeling moeten gaan verzinnen, dat is vrijwel zeker een zware modificatie van het frame en een vernieuwde typegoedkeuring. Meer over koppelingen.
Daarnaast is de aansturing compleet anders. In principe is er niet een standaard-manier van communiceren van de treinbesturing tussen verschillende typen - vroeger deed men dat nog wel, Mat '35 t/m '46 kon met elkaar in treinschakeling rijden (technisch ook met Mat '54, maar die had een andere hoogte koppeling) en de Wadlopers en DM'90 kon ook gekoppeld rijden. Je zal waarschijnlijk de hele besturingscabine van de DDAR moeten verbouwen, ook weer met vernieuwde typegoedkeuring.
Daarnaast heeft Protos een "doorlopende coupé" (zie hier, met een heel ander type bakovergang dan de DDAR, die een klassieke bakovergang heeft, die vermoedelijk ook nog eens hoger is.
Ik weet niet of een halve Protos alleen kan functioneren. Wellicht zitten essentiele zaken wel maar in één bak.
En als laatste heeft een halve Protos een vermogen van 770kW, met een gewicht van 54+46=110 ton op maar 2 aangedreven assen. Dat is recept voor slippen.
Dus ja, technisch kan het als je er maar voldoende geld tegenaan gooit.
Economisch is het waarschijnlijk goedkoper om NS héél veel geld te bieden en één treinstel ergens te leasen, of een electrische locomotief en de DDAR of een Mat '64

* DDAR heeft aan de stuurstand-kant nog een automatische BSI-koppeling, waarmee het alleen met andere DDAR-kopbakken, mDDM en speciaal daarvoor uitgeruste locomotieven (één kant van de 1700-serie, dacht ik) kon koppelen. Dit is een heel andere koppeling dan de gebruikelijke Scharfenberg-koppeling.